Tracer la pandémie grâce à la phylogénétique

Toutefois ces différences minimes entre les génomes permettent de comparer les virus entre eux et d’établir des arbres phylogénétiques, c’est-à-dire de les apparenter en recherchant leur plus proche ancêtre commun. Il s’agit en fait de classer les pathogènes comme on classe les espèces animales, par leurs liens de parenté, liens qui reposent sur un ensemble de paramètres, et pas seulement sur la génétique. Mais pour un virus, ce sont les caractéristiques génomiques qui représentent les critères de rapprochement les plus concrets. Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN simple brin d’environ 30 000 bases (30 KB) qui, contrairement à de nombreux virus à ARN, possède un système de réparation génomique permettant de rectifier certaines erreurs survenues au cours de la réplication et augmentant ainsi sa stabilité. Un des intérêts d’établir des arbres phylogénétiques est de reconstruire, d’après la provenance des souches séquencées, la diffusion du virus à l’échelle planétaire en identifiant le sens de la circulation par la généalogie. C’est ce à quoi travaille un groupe international de chercheurs en utilisant les données génomiques partagées publiquement par les laboratoires du monde entier. Sur leur plateforme Nextrain vous trouverez les arbres phylogénétiques construits à partir de ces données et la visualisation de la circulation des souches à travers le globe : https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/fr/2020-03-20. À voir ces images et à suivre quasiment en direct les chemins empruntés par le virus pour conquérir la planète, on comprend en quoi le COVID-19 est une pandémie du XXIe siècle. G. L. Avec le soutien institutionnel du laboratoire