La saga de la Covid-19 : que sait-on de plus pour faire face à la nouvelle vague ? Partie I • Covid-19 et formes aiguës : épidémiologie de l’infection et caractéristiques du virus

Y a-t-il un ralentissement de l'épidémie mondialement ou localement ?    >> Non, il n’y a pas d’infléchissement des cas cumulés et des décès sur le plan mondial. On a passé le million de morts de cas déclarés dans le monde et on atteint les 40 millions de cas diagnostiqués. Le million de personnes infectées (et identifiées par un test) va être atteint en France. On observe une reprise évolutive dans tous les pays déconfinés. Cette reprise arrive en France un peu plus tôt que prévu, favorisée par une circulation intense du virus chez les jeunes pendant les vacances et une transmission aux parents et grands-parents au retour de vacances. La question est de savoir si l’application des gestes barrières dans la population plus âgée pourra endiguer la reprise épidémique. Une source fiable de recensement des cas : https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/bda7594740fd40299423467 b48e9ecf6 Évolution en France : des données officielles mises à jour quotidiennement  https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus Cumul des cas en France. On voit ici qu’il y a bien une reprise de l’activité. Carte montrant la localisation des décès cumulés qui permet de repérer les foyers actifs et qui ne touchent pas que la jeune population. Sur quels marqueurs suivre l'épidémie ? >> Le R0 ? Les données françaises montrent une réélévation du R0 (nombre de personnes contaminées par un cas index) qui était au maximum de l’épidémie à 3 et passé sous la barre des 1 pendant le confinement (0,8) permettant de stopper l’épidémie. Le R0 n’est utilisé qu’au début de l’épidémie, quand personne n’a encore d’immunité. Comme il s’agit d’une résurgence, on utilise aujourd’hui le R effectif. Et le R effectif ? Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus. Vous comparez le nombre de cas de la semaine actuelle au nombre de cas 1 à 2 semaines auparavant (en intégrant le délai entre la contamination et le test, le nombre de tests, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours). La différence depuis juin est que ce taux est calculé aussi sur les PCR positives (et non plus seulement sur le passage aux urgences). Quelles valeurs seuils ? R < 1 : l’épidémie régresse 1 < R < 1,5 : seuil de vigilance R > 1,5 : seuil d’alerte, où nous sommes actuellement dans certaines zones C’est utile pour connaître la progression de l’épidémie mais, si le virus circule dans une population jeune et peu hospitalisée comme ce fut le cas cet été, cela ne renseigne pas sur le risque de saturation des lits. Les indicateurs de vigilance prennent en compte aussi : • Le nombre de lits occupés par les patients Covid (en réanimation). Le seuil vigilance est entre 40 et 60 %. Le seuil d’alerte est atteint pour > 60 % des lits de réanimation occupés par des patients Covid. • Le taux d’incidence : estimé sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs pour 100 000 habitants, par semaine (calculé sur la période J-3 à J-9). • Le taux de positivité des tests RT-PCR : correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département. Le R actuel sur le territoire n'est qu'à 1,35 : Pourquoi réagissions-nous plus tôt, avec un R encore inférieur à 1,5 ? >> Certes, même si le R effectif est inférieur à 1,5 en moyenne sur le territoire, dans certaines régions le R effectif passe au-dessus la barre des 1,5. On sait donc que si aucun renforcement des mesures n’est réalisé, mathématiquement cela va s’étendre à l’ensemble du territoire. De plus, alors que la première vague localisée en Ile-de-France et dans le Grand Est, cette fois-ci les vacances ont permis la diffusion sur le territoire français en entier. Cela signifie qu’il n’y aura pas de possibilité de transférer les patients graves vers d’autre régions pour soulager les tensions locales sur la saturation des lits de réanimation, puisque ces régions seront également saturées. Enfin l’augmentation du R effectif s’observe également dans la population âgée, qui sera elle plus sujette à l’hospitalisation. C’est un des éléments décisifs qui a conduit à un renforcement des mesures aujourd’hui. Effet boule de neige : l’inéluctable augmentation des hospitalisations On sait depuis cet été qu’il va y avoir une reprise des hospitalisations à la rentrée. Ceux qui annonçaient la fin de l’épidémie devant l’augmentation du nombre de cas et la baisse des hospitalisations, soutenant que le virus avait changé tiraient les mauvaises conclusions. C’était juste que le virus circulait dans une population jeune, dont le taux d’hospitalisations reste faible. Le schéma ci-contre vous montre comment le retour à la maison « des jeunes » va se pousuivre par ricochet dans les générations plus agées par une augmentation inéluctable des hospitalisations. Le virus a-t-il muté ?  >> Oui, le virus a déjà muté sur la protéine spike (voir figures). Toutefois, contrairement au virus de la grippe, le SARS-CoV-2 mute très peu car il possède des enzymes protectrices contre les mutations. Après 40 millions d’individus infectés les lignées de virus restent stables. On trouve plusieurs souches qui ont évolué dans les différentes régions du monde. Toutefois, ces différentes souches n’ont pas changé les antigènes de reconnaissance des anticorps. Le rapport hospitalisations/nombre de cas qui est resté initialement plus bas lors de la seconde vague par rapport à la première vague a fait poser question sur des modifications du virus. Nous avons vu qu’il s’agit en fait d’une population différente. En effet, le virus circule essentiellement dans une couche « jeune » de la population dont on sait que les complications sont plus rares. Malgré de nombreuses lignées, le virus garde une grande stabilité dans ses caractéristiques. Différentes lignées sont observées selon les régions mais la maladie reste similaire et les anticorps produits par un patient d’un pays sont efficaces sur le virus d’un autre pays. La seule variation notable a eu lieu précocement (variant G614) avec un gain d’infectiosité. Contagiosité : à partir de quand et jusqu'à quand ? >> On devient excréteur et contagieux à J5 post-contamination (He X et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nature Med 2020). Le pic de contagiosité : Combien de temps reste-t-on contagieux ? La plupart des sujets infectés ne sont plus contagieux à J5. (He X et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nature Med 2020 ; Wölfel R et al. Virological assessment of hospitalised patients with COVID-2019. Nature 2020). On retiendra que les enfants de moins de 10 ans sont 10 fois moins infectés. Est-ce un effet protecteur de l’immunité croisée avec les autres coronavirus qui circulent beaucoup dans cette population ? (Davies NG et al. Nature Med 2020) Comment va évoluer l'épidémie ? >> En l’absence (pour l’instant) de traitement antiviral efficace ou de vaccin disponible, seule l’immunité acquise après infection va moduler l’évolution de l’infection. Partant du principe que, comme nous l’avons vu, les réinfections précoces sont quasi inexistantes c’est la durée de l’immunité qui va conditionner le mode d’évolution de l’infection. Si nous sommes face à une immunité de type coronavirus « classiques » du rhume, l’immunité risque d’être courte et l’épidémie annuelle (voir schéma ci-contre). À l’inverse une immunité persistante permettrait de faire disparaître le virus à moyen terme. Pour l’instant nous sommes donc au stade de modèle hypothétiques, qui varient en fonction de la durée de l’immunité. La positivité de la PCR ne doit pas être assimilée à la contagiosité >>  Attention la PCR peut rester longtemps positive, en particulier chez l’enfant, le sujet âgé ou l’immunodéprimé, parfois plusieurs semaines. En moyenne la PCR reste positive 14 jours. Il ne s’agit pas de virus infectant mais juste de la persistance d’ARN viral et cela ne signe pas la contagiosité. C’est d’ailleurs pourquoi il n’est pas recommandé de contrôler la PCR. Peut-on se réinfecter ? >> Oui, en théorie, on peut se réinfecter si le virus mute, mais on vient de voir qu’il est très stable. L’autre possibilité est de perdre son immunité sachant que 98 % des personnes infectées, y compris dans des formes légères, développent des anticorps neutralisants. On le sait car le plasma de patients convalescents permet de guérir les patients ayant une infection en cours. D’autre part, les personnes ayant été infectées qui ont été remises en contact avec des sujets infectés ne semblent pas se réinfecter. Attention ces anticorps neutralisants ne sont pas les anticorps détectés par les sérologies Covid disponibles sur le marché. Le fait d’avoir une sérologie négative après une infection ne signifie donc pas que l’on n’a pas d’immunité et que l’on peut être réinfecté. De la même façon, il n’est pas démontré que la baisse du titre d’anticorps sur la sérologie est prédictif d’un risque de réinfection. Le développement d’une immunité s’observe aussi dans les formes mineures ou asymptomatiques de la maladie. Par ailleurs plusieurs études montrent que certains patients développent une immunité cellulaire T efficace, indépendante des anticorps et qui possède aussi une activité mémoire. Faki-Kremer S et al. Serologic responses to SARS-CoV-2 infection among healthcare workers with mild disease in eastern France. MedRxiv. Ju B et al. Human neutralizing antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection. 2020. Shi R et al. Human neutralizing antibody targets the receptor binding site of SARS-CoV-2. 2020. Sur 40 millions d’infections, 5 cas rapportés de réinfection sont convaincants (isolement d’un variant du virus permettant de conclure à une réinfection). Vous avez par ailleurs compris que l’on ne peut pas se baser sur une PCR à nouveau positive (même si celle-ci a été négative entretemps). Cela ne signifie pas que les réinfections n’existent pas mais que cela reste marginal. Il est raisonnable de dire pour l’instant que l’immunité est protectrice mais que le bon sens impose la poursuite des mesures barrières également chez les personnes ayant été infectées. La durée de la réponse humorale semble variable selon les études, deux mois minimum en se basant sur la décroissance des anticorps. L’étude la plus large montrait une persistance des anticorps à plus de 4 mois (Gudbjartsson et al. NEJM 2020). Pour finir, il faut rester prudent car rien ne permet de supposer que la disparition des anticorps détectables est synonyme d’un risque accru de réinfection, la réponse mémoire étant très rapide à se mettre en place. Le temps nous donnera des éléments pour identifier les marqueurs de risque de récidive. En attendant vaccins et antiviraux : les mesures barrières >> Les masques ont changé le cours de l’épidémie. L’apparition des masques chez les soignants ont diminué le taux d’infection de ces derniers, mais c’est la combinaison du masque chez les soignants et les patients qui a eu l’effet le plus fort sur la contamination des soignants (Wang X. JAMA 2020 ; published online July 14). Illustration par le CDC du « zéro contamination » avec le port du double masque. L’histoire de deux coiffeurs infectés par le SARS-CoV-2 qui ont coiffés en période de contagiosité 139 clients. Coiffeurs et clients étant masqués : aucun cas de contamination. CQFD. La protection par masque FFP2 n’a pas d’intérêt supplémentaire en absence de prélèvement à risque (le patient retire son masque avec geste invasif). Le masque chirurgical devrait être préféré au masque tissu mal évalué. Le masque est légèrement moins efficace en population générale (plus d’erreur de manipulation). La protection oculaire est intéressante en cas de prélèvement invasif chez le patient. À ce jour le masque est parfois mal toléré, surtout en cas de pathologie respiratoire. Les patients demandent parfois des certificats pour porter une visière à la place. Cette dernière n’a pas été évaluée comme protection seule. Le masque reste donc de rigueur. Et les visières de protection… Non évaluées seules Utilisées en association avec les masques Bhaskar et al. JAMA 2020. Et de rappeler pour finir que c’est l’aération qui est le point clé pour baisser le risque de contamination en lieu clos. En cas de pièce avec une seule ouverture l’aération efficace c’est… 1 heure minimum, contre 5 à 10 minutes en cas de possibilité de courant d’air ! (Jones NR et al. BMJ 2020).